Помимо синдромов Дауна, Эдвардса и Патау, которые связаны с утроением хромосом, НИПТ может выявить аномалии половых хромосом (например, синдром Клайнфельтера) и наиболее частые микроделеции (они являются причиной, например, синдрома Ди Джорджи, Ангельмана, «кошачьего крика», Прадера — Вилли).