Митохондриальная гаплогруппа U2 возникла около 40 000 лет назад. Происхождение этой гаплогруппы связывают с первой миграцией людей современного вида с Ближнего Востока в Центральную и Южную Азию. Два из старейших проанализированных образца ДНК людей современного вида из деревни Костёнки на берегу Дона принадлежат к этой гаплогруппе (их возраст 37 000 и 33 000 лет).
Сейчас гаплогруппа U является редкой: с частотой 0,5-2 % она распространена в Центральной Азии, Европе, Северной Африке и на Ближнем Востоке. Лишь немногие изолированные этнические группы, в основном в Поволжско-Уральском регионе и на Северном Кавказе, имеют частоту этой гаплогруппы выше 3%. Это уралоязычные удмурты (10%) и мордвины (7%), а также карачаевцы и балкарцы (4,5%), ногайцы (3,8%), северные осетины (3,6%), кабардинцы (3,6%), даргинцы (3,6%) на Северном Кавказе и латыши (3,5%) в Восточной Балтике. С наибольшей частотой эта гаплогруппа встречается в Южной Азии: 6,5% у бангладешцев, 12% у шриланкийцев и со средней частотой 5,5% в Индии.
Было показано, что мутация, определяющая два субклада этой гаплогруппы (U2d и U2e), связана со сниженной скоростью удвоения митохондриальной ДНК. Это может оказывать влияние на обмен веществ: приводить к повышению индекса массы тела и увеличению частоты развития диабета 2 типа.