Митохондриальная гаплогруппа А возникла около 50 000 лет назад в Восточной Азии. В настоящее время эта гаплогруппа распространена среди коренных народов Северной и Южной Америки, а также у жителей Азии (9-15% у тибетцев, 7-15% у корейцев, 5-12% у японцев, 4-13% у монгол, 3-9% у китайцев, 4,8% у вьетнамцев, 4% у татар, 2,4% у персов из Восточного Ирана, 2,3% у таджиков). Наибольший процент встречаемости обнаружен у субклада А2, который объединяет жителей северо-восточной Сибири (чукчи и эскимосы) и этнические группы индейцев Северной (на-дене, апачи) и Центральной Америки. Вероятнее всего, данная гаплогруппа после возникновения в Восточной Азии мигрировала через Берингов перешеек на Аляску и далее в Северную и Южную Америку.
Одна из самых известных мумий Америки — "Хуанита" или "Ледяная Дева" — принадлежит к митохондриальной гаплогруппе А. Она была принесена в жертву 500 лет назад на 6300-метровой горе Ампато (на территории Перу) и обнаружена в 1995 году подо льдом и снегом.