Сейчас большинство ученых признают модель «двойной структуры» японского населения. Согласно этой модели, было две волны миграции на Японский архипелаг. Первая волна миграции охотников-собирателей произошла 40 000 лет назад из Юго-Восточной Азии. Во второй волне миграции около 3000 г. до н.э. участвовали фермеры с Корейского полуострова. Они прибыли на Кюсю, самый южный из четырех основных островов Японии. Современные японцы возникли от смешения древних охотников-собирателей и относительно недавно прибывших иммигрантов.
Охотники и собиратели проникли на Японские острова во время последнего ледникового периода, когда острова были соединены с Азиатской частью материка. Они сформировали на островах культуру дзёмон, названную так из-за техники украшения глиняной посуды: дзёмон дословно переводится как "след от веревки". Затем пришли иммигранты и принесли с собой ткачество, кузнечное дело и рисоводческое земледелие.
На основании полногеномного
анализа, доля предков дзёмон (т.е. охотников и собирателей) у современных японцев оценивается примерно в 18%. Наиболее близки к дзёмон сейчас айны — аборигенное население Японии. Когда-то айны жили также и на территории России в низовьях Амура, на юге полуострова Камчатка, Сахалине и Курильских островах. В настоящее время айны остались только в Японии, где их насчитывается около 20 000 человек.