К сожалению, генетические исследования пока не дали точного ответа на вопрос, где человек начал разводить лошадей. Результаты указывают на большой район, протянувшийся от западного Казахстана через волго-донские степи России до, возможно, современной Украины. Есть три основные гипотезы о происхождении современных лошадей: первая связывает приручение лошадей с ямной культурой, вторая — с ботайской культурой, а третья отдаёт первенство в одомашнивании лошадей ботайской культуре, но говорит о том, что ботайские лошади дали начало не домашним лошадям, а лошадям Пржевальского. Последние генетические данные
подтверждают третью гипотезу. Но учёные едины во мнении, что приручение лошади произошло не позднее 5500 лет назад.
Анализ Y-хромосомы жеребцов разных пород
показал, что они произошли от единого предка или от их небольшого количества. Анализ же митохондриальной ДНК лошадей показал наличие нескольких разных линий современных лошадей, т.е. у них не было общей "праматери". Это может быть связано с тем, что приручить дикого жеребца намного сложнее, чем кобылу. Жеребцы агрессивны и независимы. В разных местах люди могли ловить диких кобыл и приручать. А первый приручённый жеребец был, возможно, маленьким жеребёнком и последовал за своей матерью, пойманной людьми.
Одомашнивание лошадей стало важным поворотным моментом в истории человечества: люди внезапно смогли передвигаться на большие расстояния, распространяя свой язык и культуру.