В Алтайском крае находится Чагырская пещера, в которой были обнаружены кости неандертальцев.
В 2020 году хорошая сохранность ДНК в этих костях
позволила ученым из Германии, России, Великобритании, Канады и Японии не только прочитать геном неандертальца (он стал третьим качественным геномом неандертальца), но и составить детальную карту частей генома, что удается редко при исследовании древних образцов. Для этого был взят костный порошок из фаланги, которую антропологи нашли в пещере Чагырская в 2011 году. Результаты генетического анализа показали, что это была женщина, жившая около 80 тысяч лет назад. Кроме того, ученые сравнили полученные данные с известными ранее геномами неандертальцев из пещер Виндия в Хорватии и Денисовой в Алтайском крае. Неандерталка из Чагырской пещеры оказалась ближе к неандертальцу из Хорватии, чем к более близкому территориально (в 100 км) неандертальцу из Денисовой пещеры.
Ученые использовали для сравнения и другие, менее полные неандертальские геномы из Европы и Кавказа. Все они оказались ближе к обитателям пещер Виндия и Чагырской, чем к денисовским неандертальцам. Проведенные генетические исследования подтвердили археологические данные о том, что чагырские неандертальцы пришли из Центральной, Восточной Европы и Кавказа и принесли с собой специфическую микокскую традицию изготовления каменных орудий. Наиболее близкородственные чагырским неандертальцы происходят из Мезмайской пещеры на Кавказе, в которой также нашли микокские каменные орудия. По данным генетиков, Чагырскую пещеру и пещеру Окладникова населяли неандертальцы второй волны, тогда как в Денисовой пещере жили неандертальцы первой волны. Однако количество гомозиготных участков у чагырского неандертальца показало, что они жили относительно изолированными популяциями численностью менее 60 особей. Напротив, неандертальцы из Европы, денисовцы с Алтайских гор и древние люди современного типа, по-видимому, жили большими группами.